従業員の希望による普通徴収選択は不可
給与所得者の住民税は、地方税法により、所得税を源泉徴収している事業主については、従業員の個人住民税を特別徴収しなければならないことになっています。
いくら従業員から「住民税は自分できっちり納付するから毎月の給与からの天引きはしないで欲しい」という要望があったとしても、特別徴収をしなければなりません。もし勝手に特別徴収から外してしまうと、その特別徴収分だけ徴収義務者である給与支払者が滞納していることとされ延滞金等を課されてしまうことになります。
普通徴収が適用される例外の場合
ただし、下記のような特別の理由（＝特別徴収に該当しない従業員がいる場合）がある場合には、市町村に「給与支払報告書」を翌年1月31日までに提出する際に「普通徴収切替理由書」を提出すれば、該当者だけ普通徴収とすることができます。
Ａ.総従業員数が2人以下（下記ＢからＦまでの対象者を除いた人数）、Ｂ.他の事業所で特別徴収、Ｃ.給与が少なく税額が引けない、Ｄ.給与の支払いが不定期、Ｅ.事業専従者（個人事業主のみ対象）、Ｆ.退職者又は退職予定者（5月末日まで）
給与を2か所以上から受け取っている場合
2社以上の勤務先から給与の支払いを受けている場合、従来は、副業を知られたくないために、所得税の確定申告書の第二表「〇住民税に関する事項」における「給与、公的年金等以外の所得に係る住民税の徴収方法」にて「自分で納付」を選択し、市町村に情報が回付されていれば、副業分の給与に係る住民税を普通徴収（納付書払い）とする扱いとされていました。
しかしながら、各自治体とも最近は、地方税法及び条例に則った取扱い等を考慮し、全ての給与を合算して税額を計算し、主たる給与の支払者（特別徴収義務者）から特別徴収（給与から天引き）する取扱いに統一されてきています。
なお、主たる給与の支払者（特別徴収義務者）用の税額通知書には、給与から差し引く税額のみが記載され、所得や控除の内訳は記載されていません。納税義務者用の税額通知書には、所得や控除の内訳が記載されますが、圧着シート加工して送付しており、住民税額以外の情報が他者に知られることはありません。
