会社法上、抱合株式という種類株式はありませんが、法人税法にその定義があります。一般的には、合併存続法人（合併法人）が合併前に保有している合併消滅法人（被合併法人）の株式のことです。合併手続きは、合併法人が被合併法人の権利義務を含む一切の財産を承継する対価として、被合併法人の株主に合併法人の株式等（金銭等も含む）を交付することです。
会社法上の取り扱い
合併における問題点は、この抱合株式に対して合併法人の新株等を交付するか否か、すなわち「割当てるか」否かです。会社法の結論は、「割当てない」です。結果、合併法人が有する抱合株式の帳簿価額は、合併により受入れた「その他資本剰余金」と相殺することになります。
法人税法上の取り扱い
一方、法人税では、抱合株式については、会社法と反対に「割当」がない場合でも「割当てた」とみなして課税関係を取扱っています。
理由は、合併によって合併法人に移転する被合併法人の純資産価額に対応する被合併法人の株式（旧株）はすべて一旦譲渡され、その対価として合併法人の新株等の交付を受けるものとして課税関係を律しているからです。それ故、株式以外の資産が交付される合併（非適格）の場合には、原則、抱合株式には、「みなし配当」と「株式の譲渡損益」が生じます。
例えば、「抱合株式の簿価60、割当てたとみなされる資産（株式及び金銭等）の価額80、被合併法人の資本金等の額40」
この場合、抱合株式には、みなし配当40（みなし割当資産の価額80－資本金等の額40）、株式譲渡損20（旧株の譲渡対価40－旧株簿価60）が発生し、合併法人に課税関係が生じることになりますが、みなし配当40は益金不算入、株式譲渡損20は損金算入となり、抱合せ株式の簿価如何によっては一定の節税効果も期待できます。
改正で譲渡損益はないものに
今年度の法人税法の改正で、みなし割当てによって生ずる株式の譲渡損益は生じないものとして課税が律せられました。理由は定かではありませんが、合併前に被合併法人の株式をプレミアム付で買収、その後、株式以外の資産の交付で非適格合併を画策、結果生ずる多額の株式譲渡損の計上による租税回避が放置できなかったのでしょうか。
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